Konferencja Kościelna Amazonii została utworzona w oparciu o dokument końcowy październikowego synodu w 2019 r. Punkt 115 przewiduje „utworzenie organu biskupów, który będzie rozwijał synodalność między Kościołami regionu”. Ma to być pomocne dla „kontynuacji amazońskiego wyrazu tego Kościoła i odkrywania nowych dróg dla misjiewangelizacyjnej”. Przy tym zawsze należy mieć na uwadze ideę „ekologii integralnej” zaproponowaną przez papieża Franciszka w jego encyklice „Laudato si'”. Nie było to proste. Narady i przygotowania toczyły się z trudem i napotykały na opory, stąd zarówno ostateczny skład, jak i inne szczegóły, były dopracowywane do ostatniej chwili. 

Ważną rolę w tym procesie odegrała kościelna sieć REPAM (Red Eclesial Panamazonica - Panamazońska Sieć Kościelna) z siedzibą w Quito w Ekwadorze. Działała ona aktywnie już w czasie trzytygodniowych obrad synodu. REPAM niezmiennie podkreśla potrzebę reform w Kościele regionu Ameryki Południowej. 

Dla wiceprzewodniczącego REPAM, peruwiańskiego kardynała Pedro Barreto, Konferencja Kościelna Amazonii stanowi „propozycję dla papieża oraz regionu Amazonii”. Jej zadaniem jest ułatwienie drogi reform. W Konferencji zasiadają biskupi, księża, diakoni i przedstawiciele ludów tubylczych z wszystkich państw regionu Amazonii. „Tu nie ma nacjonalizmów, nie ma podziałów”, podkreślił kard. Barreto. 

Zgodnie ze statutem nowa organizacja ma być powiązana z istniejącą Latynoamerykańską Radą Biskupią (CELAM), a także współpracować z REPAM, ale na zasadzie autonomicznej. „Od początku w plany był od początku włączony przewodniczący CELAM, abp Miguel Cabrejos”, powiedział kard. Barreto. „Ale nie jesteśmy tylko kolejną instytucją”, dodał i podkreślił, że projekt jest wspierany przez ludność tubylczą, świeckich i duchownych. Promuje też dążenie papieża Franciszka do decentralizacji, dlatego też spotkał się z pozytywną reakcją Ojca Świętego.