Istotnym wydarzeniem, które miało ogromne znaczenie dla powstania Stowarzyszenia Misjologów Polskich był III Krajowy Kongres Misyjny odbywający się w październiku 1999 roku, w którego ramach zorganizowano, jak powiedział ks. prof. Władysław Kowalak SVD "pierwsze spotkanie misjologów od czasów Popiela", czyli I Krajowy Kongres Misjologiczny. Zaowocował on późniejszymi, cyklicznymi spotkaniami misjologów oraz doprowadził do skonsolidowania środowiska naukowego tej dziedziny. Następnie przez sześć lat odbywały się kolejne spotkania naukowców w stałym gronie, które zajmowały się przede wszystkim samym rozumieniem idei misjologii i zadań, które niesie za sobą. Rok 2006 okazał się prawdziwym przełomem. Właśnie wtedy po ustaleniu statutu powstało Stowarzyszenie Misjologów Polskich, które zrzesza kilkunastu członków honorowych oraz kilkudziesięciu członków zwyczajnych, reprezentujących wszystkie środowiska misjologiczne w Polsce. Celem SMP jest refleksja naukowa nad działalnością misyjną Kościoła, promocja misjologii w środowiskach kościelnych i naukowych oraz troska o dydaktykę misjologii w seminariach duchownych.